A vallás japánban nem mutat egységes képet, hanem inkább sok vallás egyvelege. Az ősi vallás a shintoizmus, ami abból állt, hogy tisztelték a családi-nemzetségi és törzsi szellemeket, valamint a védőisteneket, a kamikat. (A kami szó jelentése: legfőbb, előljáró, vezető.) Azt nem tudni, hogy a kamik mik voltak eredetileg. Az egyik lehetséges válasz, hogy a Föld és az elemek szellemei, a másik, hogy az elhunyt ősök szellemei. Persze az is lehet, hogy a kamialakokban mindkét elképzelés összeolvadt. A lényeg az, hogy a vallásos szövegek szerint körülbelül nyolcmillió ilyen szellem és istenség létezik. Így hát egyáltalán nem csoda, hogy minden egyes animéban feltűnik közülük néhány. Na és persze rendszerint megjelennek a shinto szentélyek is. A szentélyeket papnők (miko) őrzik, akiknek állítólag olyan természetfeletti hatalmuk van, amivel távol tudják tartani a gonosz démonokat a rájuk bízott szent tárgyaktól. Persze ez csak legenda. Az épületek bejáratánál található kapu (torii) mindig magas keresztoszloppal rendelkezik. A szentélyekben pedig az istenségek emblémáit őrzik (mint például a tükröt és a kardot), valamint azokat a papírcsíkokkal teleaggatott bambusz rudakat, amelyek a szent fát jelképezik.

    A buddhizmus Krisztus után hatodik század derekán került japánba kínai és koreai közvetítéssel. A buddhista papok hirdették a lélekvándorlás tanát, miszerint az ember lelke miután a test meghal, tovább száll egy új testbe. Ez a folyamatos tökéletesedés útja, aminek a végén, ha az ember lelke elérte tökéletességet, akkor eléri a Nirvanát, ami a teljes megsemmisülést jelenti. A pagodákat díszes kapu zárja el a külvilágtól. Két oldalán a két templomőrző szörnyalakkal. A főoltáron Buddha szobra és templomi edények vannak, az oltár közepén egy kis asztalkán pedig szent könyvek találhatók. A mangarajzfilmekben általában a pagodákat láthatjuk viszont, de időnként megjelenik néhány buddhista szerzetes is. Bár igaz, hogy ezeknek a viselkedése nem mindig olyan, mint amilyet egy szerzetestől elvárnánk, de ettől függetlenül szinte mindig fel vannak ruházva a varázslatok és gonosz átkok megtörésének képességével.

    A konfucianizmus szintén a hatodik században került japánba. Konfucius szerint a felebaráti szeretet a legnagyobb erény. Aki egész életében nem cselekszik rosszat, hanem mindig csak jót tesz, annak az élete soha meg nem szűnő ima. Ezekből az elvekből alakult aztán ki a konfucianizmus. Ezek a tanok hatással voltak a japánokra és évszázadokon keresztül meghatározta a nép egyes rétegeinek viselkedését, de a Második világháború után a jelentőségük lecsökkent.

    A kereszténység eleinte (a tizenhatodik században) gyorsan terjedt az országban, de meg kellet küzdenie a shinto és a buddhista vallás erejével. Sokan csatlakoztak ehhez a hithez főképp a falusi népek közül. Ennek számtalan felkelés lett az eredménye, mivel a japánok szemében jobbnak tűnt az ekkorra Európában kialakult rendszer, mint amiben ők éltek. Aztán a tizenhetedik században a nemesek be is tiltották a kereszténységet a sok gond miatt, amit okozott. Később aztán mikor kihirdették japánban a vallásszabadságot, a keresztények ismét visszatértek a szigetországba, és ma már egyre többen követik ezt a hitet. Jelenleg nagyjából kilencezer ilyen templom van az országban, és egyre szaporodik a keresztény óvodák és iskolák száma is.